1958年1月至1982年初，魏南金一直在中共海南行政区党委、行政公署担任领导工作，特别是经济领导工作。他怀着建设社会主义热情，为开发宝岛积极工作，在中央和广东省委的领导支持下，为开发和建设海南岛付出了心血和汗水，作出了重要贡献。他在海南工作期间，年富力强，政治成熟，经验丰富。模范执行党的群众路线，深入基层，密切联系群众,调查研究，走遍全岛山山水水，除了五指山中一个未通公路的生产队没有去过外，其余的他都全部去过，占有大量的第一手材料。1966年3月，国务院开会研究海南经济建设问题，周恩来总理直接点名要行署主任魏南金到北京汇报。在汇报会上，周总理热情地招呼魏南金上来与他坐在一起。周总理还说，我1960年去海南认识你呀！又叫热带作物学院院长何康上前坐在总理旁边。魏南金对海南经济工作非常熟悉，有关工业、交通、财贸和粮食的情况和数据都记在脑子里，有问必答，回答准确。总理对南金等人的汇报感到满意，还与邓颖超大姐一起在家里请他们吃饭，拉家常。

南金和海南其他领导同志认真贯彻中央关于开发和建设海南宝岛的各项方针政策。他们认识到，在解决粮食问题和种植橡胶等热带作物的同时，其他各方面都要配合发展。随后，南金同志又赴京向国家计委汇报，提出不少开发建设海南的好建议，争取国家对海南建设给予更多的支持。在“文化大革命”期间，南金同志和海南行政区党委、政府的许多领导同志一样受到冲击，被当作在海南执行刘少奇、邓小平路线的当权派，受到停职检查等不公平对待。特别是当其母亲去世时，也不让他回乡奔丧、尽尽孝道，使他非常伤心。但他还是顾全大局，忍辱负重。一边写检查，一边协助军管会做好维持海南社会稳定和经济秩序的工作。

海南岛是祖国的国防前线，战略地位十分重要，不但要开发、建设好海南，还要加强和巩固国防建设，使之成为保卫祖国的重要屏障。他任行署主任期间和驻岛的部队领导组成海南国防工作领导小组，为海南的国防建设做了大量艰苦的卓有成效的工作。1974年，西沙保卫战打响，南金同志作为西沙作战领导小组成员，负责配合部队做好后勤保障工作。战后又和榆林海军基地刘培副司令飞赴西沙群岛，共同研究如何加强建设西沙和保卫西沙的各项工作。

他是第五届全国人民代表大会代表,认真履行代表的职责，经常到基层去，到群众中去，倾听人民意见，了解民情民生，积极提出加快海南开发建设的提案。他有很强的大局意识和较高的政策水平，善于处理各方面的复杂问题。海南是我国第二大岛，现有600多万人口，是全国少数民族聚居地之一，主要是黎、苗、回等少数民族,总人口100多万人，又是我国著名侨乡之一，历史上外来人口多，民族多，语言非常复杂，少数民族各有自己的独特语言，500万的汉族人口流行着七种地方语言。他非常重视处理好军、政、民之间，地方与部队、地方和农垦之间，汉族与少数民族之间，本地干部和大陆干部，以及北方南下的干部之间的关系，处处讲大局、讲团结，事事讲原则、讲政策。注意工作方法，善于把大家的思想统一到党中央的路线、方针和政策上来，统一到共同开发与建设海南的目标上来。为海南的稳定、建设和发展作出了不可磨灭的贡献。