1931年9月28日，毛泽东等人率苏区中央局机关和方面军总部从兴国水头庄进驻瑞金叶坪村，古柏、曾碧漪夫妇和毛泽东、贺子珍同住谢氏祠堂。此期间，曾碧漪、贺子珍协助毛泽东收发、保管文件,破译密码、抄写材料;古柏为毛泽东起草文件，并与毛泽东一起研究、处理总前委的许多重大问题。古柏那一手清秀的毛笔字，深得毛泽东赞赏。但是，由于王明“左”倾机会主义者在中央苏区实行宗派主义干部政策，把古柏调离总前委到地方工作。1933年初,“左”倾错误领导人又在苏区开展反“罗明路线”斗争，坚决执行毛泽东正确主张的“邓（小平)、毛（泽覃)、谢(唯俊)、古(柏)”四同志被冠以所谓“江西罗明路线”代表而受到“残酷斗争，无情打击”。

后来，毛泽东在延安回想起这段历史时说：“所谓反邓毛谢古的‘右倾机会主义’，其实是指鸡骂狗，是反对我的！”

1933年9月开始的中央苏区第五次反“围剿”，由于博古、李德的错误指挥，坚持一年多终于失败，红军主力被迫于1934年10月实行战略大转移——长征。18日傍晚，毛泽东踏上于都西河上的浮桥，随中央第一纵队告别中央苏区的父老乡亲,离开战斗、生活了五年又十个月的赣南大地。古柏被任命为闽粤赣游击纵队司令，奉命留下与项英、陈毅、贺昌、阮啸仙等人一起，在赣南一带开展游击战争。

“赤橙黄绿青蓝紫，谁持彩练当空舞”。在于都分手时，毛泽东把1933年夏在瑞金时作的这首词—《菩萨蛮·大柏地》赠给古柏。古柏率领一支红军队伍在于都、安远、寻乌、龙川一带打游击，牵制敌人。

1935年1月召开的遵义会议，确立了以毛泽东为代表的新的中央领导，结束了王明“左”倾冒险主义在党中央的统治。3月下旬，古柏按照遵义会议后党中央发来的二月指示，奉命南下东江地区传达会议精神。于是，古柏身穿棉袄，腰别“曲尺”(驳壳枪)，由一位姓廖的同志陪同，率领十余名挺进队员，从江西安远出发，爬山涉水，来到龙川县上坪镇青云村鸳鸯坑，驻扎在五兴龙游击大队活动的地下交通站一间纸厂。同志们见到古柏后十分高兴，都亲切地称呼古柏同志。古柏笑着说：叫我“柏花”好了。一连几天，古柏召开会议，向大家传达遵义会议精神，研究下一步工作，选定以上坪青化地区为中心建立根据地，坚持开展游击斗争。